En el año 2003 y en respuesta a la petición de un sector de la sociedad manabita de llevar una educación de calidad, calidez y bilingüe comprobada, los directivos del Jefferson tomaron la decisión de constituir, bajo el mismo modelo y estándar de sus otras casas (Guayaquil y Salinas), el Jefferson Manta ubicado en la vía Manta-Jaramijó, el cual se encuentra actualmente dirigido por el Abg. Juan Carlos rodríguez, quien no solo es un docente con años de experiencia en el modelo educativo del Jefferson sino que es parte del gran número de ex-alumnos que se han formado en estos 33 años de servicio educativo Jefferson.